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昆山华藏寺，由位于昆山马鞍山原慧聚寺子院演变而来。慧聚寺，建于梁代天监十年（公元511年）。吴兴沙门慧向为该寺之开山。慧向，为梁武帝萧衍之师。梁武帝赐铁香炉、丝绣佛像，又赐田二顷、山一座、木千枝。
慧向初来昆山时，因放锡禅坐于马鞍山胁石室，以二虎为侍，思欲立精舍而不能。相传当夜，风雨暴作，林木怒号，朴斫之声闻于远近，人皆怪之。翌日，黎明时刻，殿基成，台阶基石砌就,是山神之助。初建时，有大殿、小殿。至唐武宗会昌间（公元841—846年），诏毁天下佛宇，慧聚寺亦遭其难。
1992年6月，昆山市人民政府批准重建华藏寺，地址在马鞍山南麓翠微阁西，用地面积五亩。1997年8月，华藏寺再次易地重建于马鞍山之南、马鞍山路之北、亭林公园西大门之东，建筑面积3000平方米。2001年10月华藏寺竣工。2004年6月5日举行开光庆典，由秋风大和尚致答谢词。寺院前有横跨在小溪上的伯生桥，寺院楼宇俱宋代建筑风貌，巍巍壮观，屋顶为金黄色的琉璃瓦，有天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿等，规模宏大。
